El gruix de les caixes de cartró ondulat depèn principalment del nombre de capes, del perfil de la flauta i de les especificacions del paper base. Les estructures habituals de cartró ondulat inclouen estructures de tres-capes, cinc-capes i set-capes. El cartró ondulat de tres-capes normalment consta d'una capa de paper corrugat i dues capes de paper frontal, amb un gruix total d'aproximadament 2,5-4 mm, adequat per a articles lleugers com ara roba, articles de primera necessitat i petits productes electrònics. El cartró ondulat de cinc-capes consta de dues capes de paper corrugat de nucli i tres capes de paper frontal, amb un gruix normalment d'aproximadament 5-7 mm. Ofereix una bona resistència a la compressió i propietats d'amortiment, adequades per a productes que requereixen una determinada capacitat de càrrega-, com ara electrodomèstics, aliments i peces de maquinària. El cartró ondulat de set-capes té una resistència estructural encara més gran, amb un gruix aproximat d'entre 8 i 12 mm, que s'utilitza principalment per envasar productes més pesats, més grans o transportats en entorns complexos.
A més del nombre de capes, el perfil de la flauta també afecta el gruix real de la caixa. Els tipus de flauta habituals inclouen la flauta A-, la flauta en si-, la flauta en do-, la flauta en mi- i la flauta en fa{-. Una-flauta té una major alçada, oferint un millor amortiment i resistència a la compressió; La flauta B- és relativament més prima, proporcionant una millor resistència plana i imprimibilitat; La flauta C-aconsegueix un bon equilibri entre amortiment i gruix; E{10}}flauta i F-flauta són micro-flautes més fines, amb menys gruix i una superfície més llisa, per la qual cosa són aptes per a envasos d'impressió en color on es requereix una gran qualitat d'impressió i aspecte. En la producció real, es poden combinar diferents tipus de flauta, com ara utilitzar una estructura de doble-flauta per augmentar la força de la caixa. Per tant, el gruix de les caixes de cartró ondulat no és necessàriament millor com més gruixut sigui; s'ha de determinar de manera exhaustiva en funció del pes del producte, la distància de transport, l'alçada d'apilament, els requisits de resistència a la compressió i el cost, per complir el rendiment de protecció i evitar el malbaratament de material.
